Faydalarıyla bilinen peynirin az bilinen zararları da bulunuyor. Peynirin birçok çeşidinin, insan vücudu için zararı bulunuyor. Örneğin birçok çeşidinde yağ, sodyum ve kalori bulunuyor. Diğerleri ise baş ağrıları, migren için tetikleyici olan tiramin bakımından yüksektir.